Der Neusiedler See ist wie der Plattensee einer der wenigen Steppenseen in Europa und der größte abflusslose See in Mitteleuropa. Er liegt sowohl auf österreichischem als auch auf ungarischem Staatsgebiet. Sein wesentlich größerer österreichischer Anteil macht ihn zum größten österreichischen See (die ganz auf österreichischem Gebiet liegenden Seen sind kleiner, und Österreichs Anteil am insgesamt größeren Bodensee ist sehr gering).
Der See zeichnet sich durch seinen Schilfgürtel, seine geringe Tiefe und sein mildes, aber windiges Klima aus. Seine einzigartige Fauna und Flora wird durch die Errichtung der beiden Nationalparks Neusiedler See-Seewinkel und Fertő-Hanság sowie durch die Ernennung zum UNESCO Welterbe geschützt.
Die Strömung des Sees dreht im Uhrzeigersinn, das Westufer des Sees weist eine Nord-, die Ostseite eine Südströmung auf. Daneben gibt es im Bereich von Buchten und Inseln zahlreiche Kreiselströmungen Die Richtung der Strömung am Grund kann der Oberflächenströmung entgegengesetzt verlaufen. Dabei kommt es oft zu einer schichtweisen Überlagerung von kühleren und wärmeren Wassermassen. Damit lassen sich auch vermeintliche warme Quellen erklären, die beim Baden im See auffallen.
In den Kanälen im Schilf können bei stärkerem Wind Strömungsgeschwindigkeiten von 0,5 bis 1 m/s auftreten.
Die Wellen sind steiler als jene auf tiefen Gewässern, haben jedoch das gleiche Wellenbild mit drei kleinen und zwei großen Wellen. Die Wellen sind auch höher, als man es vom seichten See erwarten würde. Die Wellenbewegung folgt selten exakt der Windrichtung und weicht eher nach rechts ab. Wassersportler nennen das Wellenbild am Neusiedler See Kabbelwelle.
Seit 1972 überwacht das Biologische Forschungsinstitut für das Burgenland bei Illmitz auch die Wasserqualität des Sees. Dabei wird regelmäßig die Badewasserqualität des Wassers nach den Richtwerten der EU-Richtlinie gemäß 76/160/EWG bestätigt.